تعتبر إي بي إم تيرمينالز البحرين المشغل الرئيسي لميناء خليفة بن سلمان، وهي جزء من شركة إي بي مولر- مجموعة ميرسك، الشركة الرائدة في تشغيل وإدارة العمليات في الموانئ والتي تملك (64%) من الشركة. كما تملك شركة يوسف بن أحمد كانو القابضة ما نسبته (16%) أما الباقي (20%) فهي مملوكة من مساهمين مختلفين من الشركات والأفراد.